化脓性扁桃体炎主要由细菌感染引起，尤其是A组乙型溶血性链球菌。一般来说，常用抗生素来治疗，比如青霉素类药物，若是对青霉素过敏，可选用头孢菌素类或大环内酯类抗生素等。
常用抗生素种类
青霉素类： 如阿莫西林等，它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用，对化脓性扁桃体炎常见的致病菌有较好的抗菌活性。头孢菌素类： 像头孢克洛等，根据不同的头孢菌素，抗菌谱有所差异，对多种革兰阳性菌和革兰阴性菌都有一定的抗菌作用。大环内酯类： 例如红霉素、阿奇霉素等，可抑制细菌蛋白质的合成，对部分革兰阳性菌和支原体等有作用。
用药注意事项
用药疗程： 一般需要连续用药7-10天左右，即使症状有所缓解，也不能随意停药，否则容易导致病情反复。过敏情况： 使用抗生素前要详细询问患者的药物过敏史，尤其是青霉素类和头孢菌素类药物，有严重过敏史的患者要谨慎选择。儿童用药： 儿童使用抗生素时要根据体重等调整剂量，而且要选择适合儿童的剂型，比如儿童用的阿莫西林颗粒等。
辅助用药
解热镇痛药： 当患者有发热、咽痛较剧烈时，可使用对乙酰氨基酚或布洛芬等，这类药物能起到解热镇痛的作用，缓解患者的不适症状。不过儿童使用时要注意剂型和剂量，避免过量使用。含漱液： 可以使用复方硼砂含漱液等，有助于清洁口腔，减轻局部炎症，保持口腔卫生，缓解咽部不适。含漱时要注意正确的方法，让含漱液在口腔内充分停留后再吐出。