急性化脓性扁桃体炎可选用抗生素类药物，如青霉素类，这是较为常用的，对大多数链球菌感染有效；头孢菌素类，抗菌谱广且抗菌活性强；大环内酯类，对革兰阳性菌有一定作用；还有喹诺酮类，但要注意18岁以下人群一般不推荐使用喹诺酮类。
青霉素类药物
青霉素类药物对溶血性链球菌等有较好抗菌作用，是治疗急性化脓性扁桃体炎的常用选择，不过使用前需确认患者无青霉素过敏史。
头孢菌素类药物
头孢菌素类药物抗菌谱广，不同代的头孢菌素抗菌特点有差异，能有效对抗引起扁桃体炎的细菌，且相对安全，但同样要注意过敏情况。
大环内酯类药物
大环内酯类药物对部分革兰阳性菌及支原体等有作用，对于不能使用青霉素类药物的患者可作为替代，比如红霉素等，但可能有胃肠道等不良反应。
喹诺酮类药物
喹诺酮类药物如左氧氟沙星等，有一定抗菌效果，但由于可能影响软骨发育，18岁以下人群一般不建议使用，以免对儿童骨骼生长造成不良影响。
对于特殊人群，如儿童，使用药物需更加谨慎，应在医生指导下选择合适药物，密切观察用药反应；孕妇使用药物要权衡利弊，因为某些药物可能对胎儿有影响；老年人使用药物时要考虑其肝肾功能情况，选择对肝肾功能影响较小的药物，并监测相关指标。