房间隔缺损与卵圆孔未闭都是心脏结构异常，但有明显区别。房间隔缺损是胚胎时期房间隔发育不全导致左右心房之间有异常通道，卵圆孔未闭则是胎儿时期卵圆孔未能正常闭合，但多在出生后1年左右自然闭合。一般卵圆孔未闭发生率相对高，约20%~25%的人群存在卵圆孔未闭，而房间隔缺损在新生儿中的发生率约为0.2%~0.3%。
解剖结构差异：
房间隔缺损： 是原发孔型或继发孔型等类型的缺损，会使左右心房血液出现异常分流。比如继发孔型房间隔缺损，多位于房间隔中部，直径通常可从几毫米到数厘米不等。卵圆孔未闭： 是卵圆孔在出生后未能按时闭合，一般卵圆孔瓣和原发隔之间有潜在裂隙，通常直径相对较小，多在5毫米以内。
临床表现不同：
房间隔缺损： 小型房间隔缺损可能无症状，多在体检时发现。中型或大型房间隔缺损，儿童时期可能会有生长发育迟缓、易患呼吸道感染等表现，成年后可能出现活动后气促、心悸等症状。比如大型房间隔缺损患儿，可能在幼儿期就会出现反复肺炎、发育落后于同龄儿童。卵圆孔未闭： 多数人无明显症状，部分人可能因微小血栓通过未闭卵圆孔导致反常栓塞，出现头痛、短暂性脑缺血发作等表现，但一般症状相对较轻，很多人是在体检或因其他疾病检查时偶然发现。
诊断方法有别：
房间隔缺损： 超声心动图是主要诊断方法，通过超声可以清晰看到房间隔的缺损部位、大小等情况。比如经胸超声心动图可初步诊断，必要时还可进行经食管超声心动图进一步明确。卵圆孔未闭： 同样超声心动图是重要诊断手段，经胸超声心动图发泡试验是常用的诊断卵圆孔未闭的方法，通过观察微泡的右向左分流情况来判断卵圆孔未闭是否存在以及程度等。