药流在怀孕40天时是否可以流干净，需要根据具体情况来判断。一般来说，药流适用于停经49天内的妊娠，怀孕40天时孕囊较小，药流的成功率相对较高。但药流也存在一定的失败率，可能会出现药流不全、药流后出血时间长等情况。
以下是关于药流的一些相关信息：
1.药流的过程：药流是通过服用药物来终止妊娠的方法。首先，医生会让患者服用米非司酮，使孕囊停止发育并松动。然后，再服用米索前列醇，促进子宫收缩，将孕囊排出体外。
2.药流的成功率：药流的成功率并非100%，一般在90%左右。如果孕囊较小、位置合适，药流的成功率会相对较高。但如果孕囊较大、位置不好，或者存在其他影响药流的因素，药流可能会失败。
3.药流的注意事项：在进行药流前，医生会进行详细的检查，以确保患者适合药流。患者需要在医生的指导下按时服药，并注意观察阴道出血和孕囊排出情况。如果药流后出现大量出血、持续腹痛等异常情况，应及时就医。
4.药流的风险：药流可能会出现一些并发症，如药流不全、药流后出血时间长、感染等。此外，药流也可能会对子宫内膜造成一定的损伤，影响以后的生育能力。
5.药流的选择：药流是一种非手术终止妊娠的方法，但并不是所有女性都适合药流。医生会根据患者的具体情况，如孕囊大小、停经时间、身体健康状况等，综合考虑是否适合药流。
综上所述，药流在怀孕40天时是否可以流干净，需要根据个体情况来判断。在决定药流前，患者应与医生进行充分的沟通，了解药流的过程、成功率、风险等方面的信息，并根据医生的建议做出决策。同时，药流后也需要注意观察身体状况，如有异常应及时就医。如果对药流有任何疑问或担忧，建议咨询专业的医生。