怀孕40天药流是否能流干净，与多种因素有关，不能一概而论。一般来说，药流的成功率在90%左右，但以下因素可能会影响药流的效果：
1.怀孕时间：药流适用于停经49天内的妊娠。怀孕40天时，孕囊较小，药流的成功率相对较高。但如果怀孕时间过长，孕囊过大，药流可能无法完全排出孕囊，导致药流失败。
2.孕囊位置：孕囊的位置也会影响药流的效果。如果孕囊位于子宫角部、宫颈管内或其他异常位置，药流可能难以将其完全排出。
3.药流药物的使用：药流需要使用特定的药物，按照正确的剂量和时间服用。如果药物使用不当，可能会影响药流的效果。
4.个体差异：每个人的身体状况和对药流药物的反应都可能不同。某些人可能对药流药物不敏感，导致药流失败。
需要注意的是，药流也存在一定的风险，如药流不全、出血过多、药流失败需要清宫等。因此，在决定药流前，需要进行全面的身体检查和评估，包括B超检查、血常规、凝血功能等。医生会根据检查结果评估药流的可行性和风险，并给予相应的建议。
此外，如果药流过程中出现大量出血、剧烈腹痛等异常情况，应立即就医。药流后需要注意观察阴道出血情况和身体恢复情况，如有异常应及时就医。同时，药流后需要注意休息，避免劳累和剧烈运动，保持外阴清洁，避免感染。
总之，怀孕40天药流是否能流干净，需要综合考虑多种因素。在医生的指导下进行药流，并严格按照医嘱进行术后护理，可以提高药流的成功率，减少并发症的发生。如果对药流有任何疑问或担忧，应及时与医生沟通。