结石的形成是多种因素共同作用的结果。以肾结石为例，一般来说，尿液中某些物质的浓度过高，超过了其在尿液中的溶解度，就容易析出形成结石。
一、代谢因素导致结石形成
尿液成分异常： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质含量过高时，就可能形成结石。比如尿液中钙含量过高，就像水里的钙含量过高会结水垢一样，钙会在肾脏等部位沉积形成结石。正常情况下，尿液中的各种成分处于动态平衡，但如果身体代谢出现问题，就会打破这种平衡。例如，原发性甲状旁腺功能亢进的患者，会出现血钙增高，进而使尿钙排出增加，增加了肾结石形成的风险。尿量过少： 每天饮水量不足会导致尿量减少，尿液中矿物质浓度升高，容易析出形成结石。一般建议每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，若饮水量少于1500毫升，尿液浓缩，就为结石形成创造了条件。
二、局部因素引发结石
尿路梗阻： 当尿路存在狭窄、肿瘤等情况时，尿液排出受阻，尿液在局部潴留，其中的矿物质就容易沉积形成结石。比如输尿管狭窄的患者，尿液无法顺利通过输尿管，就可能在输尿管内形成结石。而且尿液潴留还会有利于细菌生长，细菌感染又会促进结石形成，因为细菌可以作为结石形成的核心，促进矿物质沉积。感染因素： 泌尿系统感染时，细菌、脓块等会作为结石的核心，使尿液中的矿物质围绕这些核心沉积形成结石。例如，变形杆菌等细菌能分解尿素产生氨，使尿液碱化，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。
三、饮食与生活习惯相关因素
高草酸食物摄入： 长期大量食用富含草酸的食物，如菠菜、甜菜、巧克力、坚果等，会使尿液中草酸含量升高。当草酸含量超过尿液的处理能力时，就容易形成草酸钙结石。例如，经常大量吃菠菜的人，相比饮食中菠菜摄入少的人，患草酸钙结石的风险会增加。高嘌呤食物摄入： 过多食用动物内脏、海鲜、肉类等富含嘌呤的食物，嘌呤代谢会产生尿酸，尿酸排出增多，当尿酸排泄障碍或尿酸生成过多时，就容易形成尿酸结石。比如痛风患者，由于体内嘌呤代谢紊乱，尿酸水平升高，更容易并发尿酸结石。缺乏运动： 长期缺乏运动，会使尿液中的一些物质更容易沉积。而且运动少的人，骨骼中的钙会释放到血液中，增加尿钙排出，也不利于预防结石形成。