引起三岁小孩肚子疼的原因有很多，需要根据具体情况进行分析，以下是一些常见的原因：
1.饮食问题：
暴饮暴食：小孩吃了太多食物，导致胃肠道负担过重，引起肚子疼。
消化不良：小孩吃了不易消化的食物，如油腻、辛辣、生冷的食物，或者饮食不规律，容易引起消化不良，导致肚子疼。
食物过敏：小孩对某些食物过敏，如牛奶、鸡蛋、海鲜等，吃了这些食物后可能会引起肚子疼、腹泻等症状。
2.肠道感染：
病毒感染：如轮状病毒、诺如病毒等，可引起小孩腹泻、肚子疼等症状。
细菌感染：如大肠杆菌、沙门氏菌等，可引起小孩腹痛、呕吐、腹泻等症状。
寄生虫感染：如蛔虫、蛲虫等，可引起小孩腹痛、食欲不振、营养不良等症状。
3.腹部受凉：
小孩腹部受凉，如睡觉时腹部着凉，或者吃了冷饮等，可引起胃肠道痉挛，导致肚子疼。
腹部外伤：小孩腹部受到外力撞击、挤压等，可引起腹部脏器损伤，导致肚子疼。
4.其他原因：
肠痉挛：小孩肠道蠕动过快，引起肠痉挛，导致肚子疼。
肠梗阻：小孩肠道堵塞，导致食物无法正常通过，可引起肚子疼、呕吐等症状。
疝气：小孩腹股沟区或脐部有肿块突出，可引起肚子疼、呕吐等症状。
如果小孩肚子疼持续时间较长、疼痛剧烈、伴有呕吐、腹泻、发热等症状，或者疼痛无法缓解，家长应及时带小孩去医院就诊，以便明确病因，进行针对性治疗。在就诊前，家长应注意让小孩休息，避免剧烈运动，不要随意给小孩服用止痛药，以免掩盖病情。同时，家长应注意观察小孩的病情变化，如出现异常应及时告知医生。