孕39周有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.见红：孕39周已接近预产期，此时出现褐色分泌物，通常为先兆临产的表现，即分娩发动前24~48小时内，因宫颈内口附近的胎膜与该处的子宫壁分离，毛细血管破裂经阴道排出少量血液，与宫颈管内的黏液栓相混排出，称为见红。其出血量通常较少，一般不超过月经量。
2.前置胎盘：前置胎盘是导致妊娠晚期出血的主要原因之一，其典型症状为妊娠晚期或临产时，发生无诱因的无痛性反复阴道流血。
3.胎盘早剥：胎盘早剥是妊娠期的严重并发症，起病急、进展快，若处理不及时可危及母儿生命。主要症状为阴道流血，通常出血量较多，且伴有腹痛。
4.其他：除上述情况外，早产、胎膜早破等也可导致孕39周时出现褐色分泌物。
无论是哪种原因引起的褐色分泌物，都需要引起重视。建议及时就医，进行相关检查，如超声检查、胎心监护等，以了解胎儿的情况，并根据医生的建议进行相应的处理。在等待就医的过程中，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，同时密切观察胎动情况。如果出现阴道流血增多、腹痛加剧等异常情况，应立即就医。