半夜肚子疼醒可能由多种原因引起，比如消化系统疾病、泌尿系统疾病等。一般来说，常见原因包括以下几类。
消化系统方面的原因
急性肠胃炎：
多因饮食不洁导致，比如吃了变质的食物。患者除了半夜肚子疼醒，还可能伴有腹泻、呕吐等症状。一般来说，细菌感染引起的急性肠胃炎较为常见，比如大肠杆菌等感染。
胃溃疡：
胃溃疡患者可能在半夜出现疼痛。这是因为空腹时胃酸对溃疡面的刺激增强。胃溃疡的疼痛具有一定的规律性，多在餐后一段时间出现缓解，然后到下次进餐前又可能疼痛。
肠道寄生虫感染：
如蛔虫、蛲虫等感染也可能导致半夜肚子疼。蛔虫感染时，虫子在肠道内活动可能刺激肠道，引起疼痛。儿童相对更容易发生肠道寄生虫感染。
泌尿系统方面的原因
输尿管结石：
输尿管结石引起的疼痛往往比较剧烈，可放射至腹部。患者半夜可能突然被疼醒，疼痛呈绞痛性质，还可能伴有血尿等症状。结石在输尿管内移动会刺激输尿管平滑肌，导致强烈疼痛。
肾结石：
肾结石患者也可能在半夜出现肚子疼的情况。结石移动时会引起腰部或腹部的疼痛，疼痛可能向会阴部放射。如果结石较小，在肾脏内活动也可能刺激肾脏组织，引发疼痛。
其他可能原因
腹部着凉：
夜间睡眠时腹部保暖不当，着凉后可能引起肠道痉挛，导致半夜肚子疼。这种疼痛一般是阵发性的，通过保暖可能会有所缓解。
腹部脏器扭转：
比如肠扭转等情况，也可能在半夜突发肚子疼。肠扭转会导致肠道的血液供应受阻，引起剧烈疼痛，病情较为危急，需要及时就医处理。