三维超声检查的最佳时间因检查目的而异。
孕期胎儿检查
孕期进行三维超声检查通常在妊娠22 - 28周较为合适。此时胎儿的各个器官已基本发育成形，羊水适中，胎儿在子宫内的活动空间较大，有利于清晰显示胎儿的结构。对于年龄较大的孕妇或有特殊家族遗传病史等情况，可能会根据具体情况适当调整检查时间，但一般不早于妊娠20周，因为过早胎儿某些结构可能尚未完全发育成熟，图像显示不够清晰。
妇科疾病检查
如果是用于妇科疾病检查，如子宫肌瘤、卵巢囊肿等情况，一般在月经干净后的3 - 7天进行较好。这个时期子宫内膜较薄，子宫及附件的显示更为清晰，能更准确地观察病变的位置、大小等情况。对于处于绝经期的女性，随时都可以根据病情需要进行三维超声检查，但也需结合具体病情来综合判断。
心脏等其他部位检查
对于心脏等部位的三维超声检查，要根据具体病情由医生来判断最佳检查时间。例如，怀疑先天性心脏病的胎儿，可能在妊娠24 - 28周进行检查较为合适；而成人心脏疾病的三维超声检查，会根据患者的症状、体征等由医生确定具体检查时机，一般会选择在患者病情相对稳定，能够配合检查的时间段进行。
特殊人群情况
对于孕妇，若存在多胎妊娠情况，三维超声检查时间可能会适当提前一些，因为多胎妊娠胎儿发育情况可能与单胎有所不同。对于妇科检查的特殊人群，如患有严重妇科炎症处于急性期的患者，可能需要先控制炎症后再进行三维超声检查，以避免炎症扩散等不良情况。对于心脏检查的特殊人群，如患有严重心功能不全的患者，检查时要密切关注患者的耐受情况，在保证患者安全的前提下进行检查。