疱疹性咽喉炎主要是由肠道病毒引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒A组，大约有10% - 20%的疱疹性咽喉炎是由其他肠道病毒导致的，比如埃可病毒等。
病毒传播途径
接触传播： 肠道病毒可以通过直接接触被污染的物品传播，像被病毒污染的玩具、餐具等，健康人接触后就有可能被感染。比如在幼儿园等儿童聚集的场所，病毒很容易在小朋友之间通过接触传播开来。飞沫传播： 患者在咳嗽、打喷嚏时，会产生含有病毒的飞沫，周围人吸入这些飞沫就会被感染。例如一个患有疱疹性咽喉炎的孩子在教室咳嗽，周围的同学就有可能因吸入含病毒的飞沫而发病。
易感染人群特点
儿童群体： 尤其是5岁以下的儿童更容易患上疱疹性咽喉炎。这是因为儿童的免疫系统还没有完全发育成熟，对肠道病毒的抵抗力相对较弱。而且儿童在生活中接触外界物品的机会较多，比如喜欢用手触摸各种物体表面，然后又容易将手放到嘴里，增加了感染病毒的风险。免疫力低下者： 本身患有免疫缺陷疾病或者长期使用免疫抑制剂的人，他们的身体抵抗力较差，比普通人更容易感染肠道病毒引发疱疹性咽喉炎。比如一些艾滋病患者，由于自身免疫系统被破坏，感染疱疹性咽喉炎的几率就会大大增加。
环境因素影响
卫生条件较差的环境： 生活在卫生条件不好、脏乱差的环境中的人，感染肠道病毒的几率会更高。比如一些偏远地区卫生设施不完善，饮用水可能受到污染，或者居住环境拥挤不通风，都为肠道病毒的传播创造了有利条件，从而容易引发疱疹性咽喉炎。季节因素： 一般来说，疱疹性咽喉炎在夏季和秋季比较高发。这是因为在这两个季节气温较高，适合肠道病毒的存活和传播，而且儿童在这两个季节户外活动增多，接触病毒的机会也相应增加。