咽喉疱疹主要是由病毒感染引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒A组，大约有超过半数的咽喉疱疹病例是由它导致的。
病毒感染引发
柯萨奇病毒感染： 柯萨奇病毒A组中的某些亚型，比如A16型等，是引发咽喉疱疹的常见病毒。这种病毒主要通过飞沫传播或者接触被污染的物品传播，当人体免疫力下降时，就容易被该病毒侵袭，从而引发咽喉部位出现疱疹。肠道病毒感染： 像肠道病毒71型等肠道病毒也可导致咽喉疱疹。肠道病毒71型引发的咽喉疱疹有时症状相对较重，尤其在儿童群体中需要密切关注，它同样可以通过人与人之间的密切接触等途径进行传播。
免疫力低下诱发
儿童免疫力特点： 儿童的免疫系统尚未完全发育成熟，相对成年人更容易受到病毒的侵害。比如3岁以下的幼儿，自身免疫力较弱，当接触到上述引发咽喉疱疹的病毒时，就更易患上咽喉疱疹。成年人免疫力下降情况： 成年人如果长期处于疲劳状态、患有慢性疾病（如糖尿病等）或者长期使用免疫抑制剂等，会导致免疫力下降，此时也容易被引发咽喉疱疹的病毒感染。例如长期熬夜的人，身体免疫力降低，感染病毒引发咽喉疱疹的风险就会增加。
环境因素影响
季节因素： 在夏季和秋季，气候相对比较温暖潮湿，这种环境有利于病毒的存活和传播，所以这两个季节咽喉疱疹的发病率相对较高。据统计，在夏季和秋季，咽喉疱疹的就诊人数比其他季节能高出30% - 50%。人群密集场所： 在学校、幼儿园、公共场所等人流量大的地方，人员密切接触频繁，病毒传播的几率大大增加，所以在这些场所中咽喉疱疹更容易出现聚集性发病的情况。比如一所学校内，如果有学生感染了引发咽喉疱疹的病毒，就很容易在同学之间传播开来。