一、代谢方面的影响
长期避孕药可能对代谢产生一定影响。例如，部分长期服用复方口服避孕药的女性可能出现体重变化，有研究显示约有一定比例的女性在长期服用后体重有所增加，这可能与雌激素导致水钠潴留以及影响脂肪代谢等有关。同时，对血脂也可能有影响，可能会使低密度脂蛋白胆固醇（LDL-C）轻度升高，高密度脂蛋白胆固醇（HDL-C）轻度降低，但一般这种变化在正常范围内波动，不过对于本身有血脂异常基础疾病的人群，需要密切监测血脂情况。
二、对凝血功能的影响
长期避孕药中的雌激素可能会使凝血因子水平升高，如纤维蛋白原等，从而增加血栓形成的风险。对于有静脉血栓病史、肥胖（尤其是体重指数BMI≥30）、高龄（年龄≥35岁）且长期吸烟的女性来说，使用长期避孕药时发生静脉血栓事件的风险相对更高。因为这些因素本身就会增加血栓潜在风险，而长期避孕药的使用可能会进一步叠加这种风险。
三、对心血管系统的潜在影响
长期使用避孕药可能对心血管系统有一定潜在影响。虽然一般情况下这种影响相对较小，但对于有高血压、冠心病家族史的人群需要谨慎。有研究表明，长期服用避孕药的女性发生高血压的风险可能较未使用者略有增加。不过这种影响也是在一定个体差异和其他危险因素共同作用下才会较为明显体现出来。
四、对生殖系统的影响
长期避孕药可能会对生殖系统产生一些可逆或不可逆的影响。在停药后，一般月经会逐渐恢复正常，但部分女性可能会出现短暂的月经紊乱情况。另外，长期使用避孕药后，突然停药可能会导致撤退性出血等情况。对于有生育计划的女性，停药后通常可以正常受孕，但也有少数女性可能会出现排卵恢复延迟的情况，但大多数情况下不影响正常生育功能的恢复。不过对于本身有生殖系统基础疾病，如多囊卵巢综合征等的女性，使用长期避孕药需要在医生评估下进行，因为可能会对原有的病情控制产生一定干扰。
五、对心理健康的影响
部分女性在长期服用避孕药后可能会出现情绪方面的变化，如抑郁、焦虑等。这可能与激素变化影响神经递质有关。对于本身有心理疾病史，如抑郁症病史的女性，使用长期避孕药需要特别谨慎，因为激素的变化可能会诱发或加重心理疾病症状。而对于心理健康状况良好的女性，一般这种影响相对较小，但也需要密切关注自身情绪变化，一旦出现明显情绪异常，应及时就医评估。