支原体和衣原体的区别在于：
1.生物学特性：
支原体：没有细胞壁，可通过滤菌器，大小为0.2-0.5μm。
衣原体：具有细胞壁，革兰氏阴性菌，大小为0.5-1.0μm。
2.致病性：
支原体：引起呼吸道、泌尿生殖道等部位感染，如肺炎支原体引起肺炎，脲原体引起尿道炎。
衣原体：引起眼部、泌尿生殖道和呼吸道的感染，如沙眼衣原体引起沙眼，鹦鹉热衣原体引起鹦鹉热。
3.治疗方法：
支原体：使用抗生素治疗，如红霉素、四环素等。
衣原体：使用抗生素，如四环素、多西环素等。对于某些严重的衣原体感染，还可能需要使用磺胺类药物或其他药物进行治疗。