胃食管反流的典型症状之一是烧心，约有50%~70%的患者会出现，通常是在餐后1小时左右出现，胸骨后有烧灼感。另外，反流也是常见症状，约有60%~70%的患者能感觉到胃内容物反流到口腔或咽部，有时是酸味或苦味。
消化道相关症状
反流性烧心：除了餐后1小时左右出现的典型烧心，部分人在平卧、弯腰或腹压增高时也会诱发，症状可持续数分钟至数小时不等。反流物刺激食管：可能会引起吞咽困难或吞咽疼痛，吞咽困难有时是间歇性的，严重时可能会因食管痉挛而导致吞咽困难加重。
食管外相关症状
咽喉部症状：反流物刺激咽喉，可引起咽喉不适、声嘶，有些人会误以为是咽喉炎，长期不愈可能会影响发声。呼吸道症状：反流物吸入气管、支气管，可引起咳嗽、哮喘等，这种咳嗽多在夜间发生，容易被误认为是支气管炎或哮喘，且常规治疗效果不佳。
其他不典型症状
口腔问题：长期胃食管反流可能会导致牙齿酸蚀症，因为反流物中的酸性物质会损伤牙齿，出现牙齿敏感、变色等情况。胸痛：疼痛可放射到心前区、后背、肩部等部位，类似心绞痛，容易误导患者去心内科就诊，但做心电图等检查又无心肌缺血的证据。需要注意的是，儿童胃食管反流的表现可能不太典型，婴幼儿可能会出现拒食、喂养困难、体重不增等情况，还可能有反复呕吐、呼吸暂停等表现，家长要多留意孩子的异常情况。而老年人的症状可能更不典型，有的仅表现为吞咽困难或胸骨后不适等，容易被忽视。