酵素可能带来一些副作用。比如，部分人服用后可能出现胃肠道不适，像恶心、呕吐、腹泻等症状。有研究发现，约10% - 15%的人在服用某些酵素产品后会出现不同程度的胃肠道反应。
胃肠道方面的副作用
肠道功能紊乱： 一些人服用酵素后，肠道菌群平衡可能被打破，导致肠道功能紊乱。这可能表现为排便习惯改变，原本规律的排便变得不规律，要么便秘要么腹泻频繁出现。消化不良加重： 对于本身就有消化不良问题的人，服用酵素有时不仅不能缓解，还可能使症状加重。比如原本吃点东西就觉得胃胀，服用酵素后这种胃胀感可能更明显，还可能伴有嗳气等情况。
过敏相关副作用
皮肤过敏反应： 个别人群可能对酵素中的某些成分过敏，从而出现皮肤过敏症状。像皮肤瘙痒、出现红斑、皮疹等情况都可能发生。如果过敏情况严重，还可能出现皮肤肿胀，甚至影响呼吸等更严重的过敏表现。呼吸道过敏表现： 极个别情况下，服用酵素后可能引发呼吸道过敏，出现打喷嚏、流鼻涕、咳嗽，严重时可能导致呼吸困难等症状。
与药物相互作用的副作用
影响药物代谢： 酵素可能会影响人体的一些代谢酶，从而影响其他药物的代谢。例如，某些酵素可能会干扰肝脏中药物代谢酶的活性，使得同时服用的其他药物在体内的浓度发生变化。如果是原本在治疗疾病过程中需要稳定药物浓度的患者，就可能因为酵素的影响而出现药物疗效不佳或者药物毒性增加的情况。与特定药物冲突： 比如正在服用抗凝药物的人，如果服用酵素，可能会增加出血的风险。因为酵素可能会影响凝血相关的机制，与抗凝药物产生不良的相互作用，进而对健康造成威胁。