咽喉疱疹主要是由病毒感染引起的，其中最常见的是柯萨奇病毒A组，大约有90%的咽喉疱疹病例是由这种病毒导致的。
病毒感染途径
接触传播： 比如直接接触了携带病毒的患者，像在幼儿园、学校等人员密集场所，孩子之间通过手接触被病毒污染的玩具、餐具等，就容易感染。另外，与患者共用毛巾、水杯等个人物品，也可能通过接触传播病毒引发咽喉疱疹。飞沫传播： 当患有咽喉疱疹的患者说话、咳嗽、打喷嚏时，会产生含有病毒的飞沫，健康人吸入这些飞沫后，病毒就有可能在呼吸道内繁殖，从而引发感染。一般在近距离接触时，飞沫传播的风险较高。
自身免疫力因素
儿童易感性高： 儿童的免疫系统发育还不完善，相比成年人更容易受到病毒的侵袭。尤其是3 - 10岁的儿童，这个年龄段的孩子在学校等集体环境中接触病毒的机会较多，而且自身抵抗力相对较弱，所以咽喉疱疹在儿童群体中较为常见。例如，在幼儿园里，如果有一个孩子感染了相关病毒，很容易在短期内传染给其他小朋友。免疫力低下人群： 本身患有免疫缺陷疾病的人，或者长期使用免疫抑制剂的人，他们的身体免疫力较低，对病毒的抵御能力减弱，感染咽喉疱疹病毒后，病情往往更容易加重，而且恢复也相对较慢。比如一些患有艾滋病的患者，由于免疫系统严重受损，一旦感染咽喉疱疹病毒，就可能出现更严重的咽喉部症状以及全身不适等情况。
环境因素影响
气候因素： 在季节交替的时候，气温变化较大，人体的免疫力可能会受到一定影响。比如春秋季，气温忽高忽低，这时候如果身体没有及时适应，就容易被病毒侵袭。另外，长期处于干燥的环境中，会使咽喉部的黏膜防御能力下降，病毒更容易入侵引发咽喉疱疹。例如，在北方的冬季，室内供暖后空气干燥，人们长时间待在这样的环境中，咽喉部黏膜容易受损，增加了感染病毒的风险。卫生条件： 生活在卫生条件较差的环境中，比如居住环境脏乱、通风不良等，会增加感染病毒的几率。不卫生的环境中往往存在更多的病毒和细菌，容易导致咽喉疱疹等疾病的发生。比如一些偏远地区或者卫生设施不完善的地方，人们感染咽喉疱疹的概率相对较高。