口腔局部因素
清洁不彻底：夜间睡眠时口腔唾液分泌减少，口腔自洁作用减弱，若睡前未有效刷牙漱口，食物残渣易在口腔内残留并被细菌分解，产生有异味的物质导致早上醒来口臭。比如，长期不认真刷牙的人群，口腔内牙菌斑、食物残渣堆积情况更严重，口臭问题相对更突出。对于儿童来说，若家长未帮助其养成良好的睡前刷牙习惯，也易出现晨起口臭。儿童因年龄小，可能配合度不高，家长需更耐心引导，保证口腔清洁。
牙周疾病：如牙龈炎、牙周炎等。牙周病会导致牙龈红肿、出血，牙周袋形成，袋内细菌滋生繁殖，产生硫化物等异味物质。研究表明，牙周炎患者口腔中的硫化氢、甲硫醇等挥发性硫化物含量明显高于健康人。不同年龄段人群都可能患牙周疾病，年轻人若不注意口腔卫生，也可能患上牙龈炎，进而发展为牙周炎出现晨起口臭；老年人由于牙龈退缩、牙齿松动等原因，更易患牙周疾病，从而引发口臭。
龋齿：牙齿龋坏形成龋洞，食物残渣易嵌塞在龋洞内，细菌在洞内发酵分解，产生异味。儿童乳牙龋齿发生率相对较高，若不及时治疗，更易出现晨起口臭情况。因为儿童喜欢吃甜食，口腔卫生维护相对较差，龋齿发病风险增加。
全身性疾病因素
消化系统疾病：如反流性食管炎，胃内容物反流至食管甚至口腔，其中含有的酸性物质及腐败的食物残渣会带来异味。有研究显示，约50%的反流性食管炎患者会出现口臭症状。不同年龄段人群都可能患消化系统疾病，老年人胃肠功能减退，更易发生反流情况；年轻人若饮食不规律、精神压力大等也可能引发反流性食管炎导致口臭。
呼吸系统疾病：如鼻窦炎、扁桃体炎等。鼻窦炎患者鼻腔内分泌物倒流至咽部，扁桃体炎患者扁桃体隐窝内细菌、炎性分泌物堆积，都可能产生异味并导致晨起口臭。例如，慢性鼻窦炎患者长期有脓性分泌物倒流，易出现口臭问题。各个年龄段人群都可能患呼吸系统疾病，儿童若患扁桃体炎，因免疫系统发育尚未完全，相对更易反复感染引发口臭。
糖尿病：糖尿病患者血糖控制不佳时，体内酮体生成增加，可出现丙酮味的口臭。研究发现，糖尿病患者发生口臭的概率高于非糖尿病患者。糖尿病在各个年龄段都可能发病，老年人患糖尿病的比例相对较高，且血糖波动更需关注，若血糖控制不好，晨起口臭可能更明显。
其他因素
饮食因素：前一天食用大量洋葱、大蒜等具有刺激性气味的食物，这些食物中的成分会残留在口腔中，经口腔细菌作用后产生异味，导致晨起口臭。不同饮食偏好的人群受此影响不同，喜欢吃重口味、刺激性食物的人更易出现因饮食导致的晨起口臭。
不良生活习惯：长期吸烟的人，烟草中的尼古丁等成分会附着在口腔及呼吸道，使口腔异味明显。酗酒者由于酒精的刺激及口腔卫生状况往往较差，也易出现晨起口臭。年轻人中吸烟、酗酒现象相对较多，若不注意口腔卫生及生活习惯调整，晨起口臭问题更易发生。