腘窝囊肿并非都需要手术治疗，约10% - 15%的腘窝囊肿可能无需手术干预。
无需手术的情况
小而无症状的囊肿：如果腘窝囊肿比较小，而且患者没有任何不适症状，通常可以先进行观察。比如一些偶然发现的、直径在2厘米以下且不影响膝关节活动和日常生活的囊肿，可能暂时不需要采取手术措施，定期复查超声等检查，监测囊肿大小变化即可。与其他疾病相关需先治疗原发病的情况：如果腘窝囊肿是由其他疾病（如膝关节的一些良性炎症等）引起，在原发病得到有效控制后，部分囊肿可能会自行缩小或消失。例如因膝关节滑膜炎导致的反应性腘窝囊肿，当滑膜炎经过规范治疗得到缓解后，囊肿有自行消退的可能。
需手术的情况
囊肿较大有症状的情况：当腘窝囊肿直径超过5厘米，或者囊肿引起了明显的症状，像膝关节后方胀痛、肿胀，影响膝关节屈伸活动，走路时感觉膝关节受限等，这时候通常需要考虑手术治疗。比如有的患者囊肿较大，走路时膝关节屈伸困难，严重影响生活质量，就需要通过手术来解决。囊肿反复发作的情况：如果腘窝囊肿多次复发，经过保守治疗效果不佳，也建议进行手术。因为反复复发的囊肿会持续给患者带来困扰，手术可以从根本上解决问题。囊肿怀疑有恶变可能的情况：虽然这种情况比较少见，但如果通过检查怀疑腘窝囊肿有恶变倾向，那就必须进行手术，切除囊肿进行病理检查以明确性质，并进一步制定后续治疗方案。
手术治疗的方式
传统开放手术：医生会在腘窝处做一个切口，直接将囊肿切除。这种手术方式比较直接，但相对来说创伤稍大一些，术后恢复时间可能会长一点，一般需要1 - 2周左右伤口初步愈合。关节镜下手术：这是一种微创手术方式，通过关节镜进入膝关节内部，找到囊肿的开口，将囊肿切除。关节镜手术创伤小，术后恢复快，一般术后3 - 5天就可以开始进行一些简单的膝关节活动康复锻炼，术后1 - 2周左右基本可以恢复日常生活中的轻度活动。