灰指甲根除需要综合治疗，一般可以通过药物治疗、手术治疗等方法。通常外用抗真菌药物疗程较长，可能需要数月，而口服抗真菌药如伊曲康唑胶囊等，一般需连续服用数月，治愈率可达60%~70%。
药物治疗方法
外用药物：常用的有阿莫罗芬搽剂，每周使用1~2次，需要连续使用数月才能看到效果。使用时要先将病甲清洁、锉薄，然后涂抹药物，坚持使用有一定的抗真菌效果，但起效较慢。口服药物：像伊曲康唑胶囊，采用冲击疗法，即服用1周停药3周为一个疗程，一般需要2~3个疗程。它可以抑制真菌细胞膜的合成，发挥抗真菌作用。不过口服药物需要监测肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响。
手术治疗方式
拔甲术：过去常用拔甲的方法，但现在应用相对减少。手术需要将病甲拔除，术后要注意预防感染，新甲生长需要一定时间，而且拔甲后疼痛，恢复期间行动也会受一定影响，并且拔甲后仍有复发可能。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌的生长环境。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，相对痛苦较小，但费用相对较高，而且不是所有患者都能达到完全根除的效果，部分患者可能需要配合其他治疗。
日常护理要点
保持足部干燥：灰指甲多与真菌感染有关，而真菌在潮湿环境中容易滋生。所以要勤换鞋袜，洗完脚后要及时擦干脚趾间的水分，尽量保持脚部干燥，比如在夏天出汗多的时候，每天可以多换几次袜子。避免共用物品：不要与他人共用拖鞋、脚盆、指甲刀等物品，防止交叉感染。因为灰指甲具有传染性，通过共用物品很容易将真菌传染给他人，也可能导致自身其他指甲被感染。定期修剪病甲：定期对病甲进行适当修剪，但要注意不要过度修剪，避免损伤甲周组织。修剪时使用单独的指甲刀，修剪后要对指甲刀进行消毒处理，防止真菌残留传播。