治疗灰指甲最好的药膏主要包括以下几种：
1.阿莫罗芬乳膏：阿莫罗芬是一种广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等多种真菌均有抑制作用。其独特的作用机制，能有效穿透甲板，且极少发生耐药。使用时需注意，应先使用指甲锉尽量锉光受感染的指甲，然后再将乳膏均匀涂抹于患处。乳膏在甲板上的停留时间不宜过短，否则可能影响药效。
2.环吡酮胺乳膏：这是一种广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等有较强的抑制作用，且具有一定的角质促成作用，能促使甲板正常角化。使用时需注意，该乳膏不能用于眼部、口腔等黏膜部位，且使用后应避免接触眼睛和其他黏膜（如口、鼻等）。
3.特比萘芬乳膏：特比萘芬是一种丙烯胺类广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等均有较强的抑制作用。特比萘芬乳膏的透皮吸收较好，且不良反应相对较少。使用时需注意，乳膏应均匀涂抹于患处，并在症状消失后继续使用一段时间，以巩固疗效、减少复发。
4.酮康唑乳膏：酮康唑是一种咪唑类广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等有较强的抑制作用。酮康唑乳膏的使用方法较为简单，一般将其直接涂抹于患处即可。但需要注意的是，酮康唑乳膏可能会引起一些不良反应，如皮肤瘙痒、灼烧感、刺痛等，且该药物禁止与其他咪唑类药物同时使用，以免引起严重的不良反应。
需要注意的是，以上药物均需在医生的指导下使用，以免引起不良反应。同时，灰指甲的治疗需要一定的时间，患者在治疗期间应注意个人卫生，保持足部清洁、干燥，避免与他人共用鞋袜、拖鞋、脚盆等物品，以免交叉感染。此外，灰指甲还可能会并发甲沟炎、甲床炎等疾病，患者应及时就医，以免延误病情。