治疗灰指甲常用的药物有外用和口服之分。外用药物方面，像阿莫罗芬搽剂较为常用，一般每周使用1 - 2次，坚持使用有一定效果，但相对起效较慢。
外用抗真菌药
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部外用的抗真菌药物，通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，通常每周使用1 - 2次，连续使用数月可能看到效果。环吡酮胺乳膏：局部涂抹于病甲处，能抑制真菌的生长繁殖。使用时需将病甲周围皮肤清洁后，取适量乳膏涂抹在病甲及周围皮肤，每天使用1 - 2次。
口服抗真菌药
伊曲康唑：属于口服的广谱抗真菌药，它可以干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成。一般采用冲击疗法，即吃一周停三周为一个疗程，需要服用几个疗程，不过在使用前需要检查肝功能，因为它可能对肝脏有一定影响。特比萘芬：同样是口服抗真菌药，能特异性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜的合成。通常每天服用一次，疗程一般根据病甲的情况而定，比如指甲感染可能需要服用6 - 12周，趾甲感染可能需要服用12 - 16周，使用前也建议检查肝功能。
辅助治疗相关
病甲处理：在使用药物治疗前，最好先对病甲进行适当处理，比如用温水泡软病甲后，用刀片轻轻刮除病甲的表层，但要注意避免损伤周围正常皮肤，这能让药物更好地渗透到病甲内部发挥作用。个人卫生：灰指甲患者要注意个人卫生，保持足部和手部的清洁干燥，不与他人共用拖鞋、毛巾等物品，防止交叉感染。同时，要避免长时间穿着不透气的鞋子，减少脚部潮湿的环境，因为潮湿环境容易滋生真菌，加重灰指甲的病情。