吃益生菌后拉肚子的原因主要有以下几点：
1.益生菌的不良反应：益生菌是通过改善宿主肠道菌群生态平衡而发挥有益作用，达到提高宿主健康水平和健康状态的活菌制剂制品。当人体摄入益生菌时，肠道内的有益菌和有害菌会同时受到影响。在这个过程中，有害菌可能会产生一些有害物质，刺激肠道蠕动，导致拉肚子。
2.个体差异：每个人的肠道微生态系统都不同，对益生菌的反应也可能不同。有些人可能对益生菌中的某些成分敏感，或者肠道内的环境不适合益生菌生长，从而导致拉肚子。
3.食用方式不当：食用益生菌时需要注意正确的食用方式。如果益生菌制剂没有正确保存，或者在食用时水温过高，都会导致益生菌死亡，失去活性，无法发挥作用，还可能引起肠道不适。
4.与其他食物或药物相互作用：如果在食用益生菌的同时，还食用了一些不适合的食物，或者正在服用一些可能与益生菌相互作用的药物，也可能导致拉肚子。
5.肠道疾病：如果本身患有肠道疾病，如炎症性肠病、肠易激综合征等，食用益生菌可能会刺激肠道，导致症状加重，出现拉肚子等不适。
需要注意的是，如果拉肚子的情况不严重，可以先观察一段时间，停止食用益生菌，同时注意饮食清淡，避免食用油腻、辛辣、刺激性食物。如果拉肚子的情况持续时间较长或者伴有其他不适症状，如腹痛、恶心、呕吐等，建议及时就医，以便明确原因并进行治疗。同时，在食用益生菌之前，最好咨询医生或专业人士的建议，根据个人情况选择合适的益生菌产品，并按照说明书的要求正确食用。