怀孕5周时腹痛伴阴道出血，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：在怀孕早期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、孕酮水平低等因素可能导致先兆流产，出现腹痛和阴道出血。需要及时就医，医生一般会建议卧床休息、使用孕激素等保胎药物治疗。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为宫外孕，以输卵管妊娠最常见。宫外孕时，随着孕囊的生长，会导致输卵管破裂，引起腹痛和阴道出血，严重时可导致大出血、休克。一旦确诊宫外孕，应立即住院治疗，根据病情选择保守治疗或手术治疗。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性妊娠滋养细胞疾病，与妊娠相关，可导致子宫体积大于停经月份，血清HCG水平异常升高，还可出现阴道流血、腹痛等症状。一旦确诊，需要及时清宫，并定期复查。
4.其他：怀孕5周时，子宫逐渐增大，可能牵拉周围组织引起腹痛。此外，宫颈炎、阴道炎等也可能导致阴道出血。
总之，怀孕5周腹痛伴阴道出血是一种异常情况，需要及时就医，进行超声检查、血HCG和孕酮检测等，明确原因，并采取相应的治疗措施。在就诊前，应注意休息，避免剧烈运动和性生活。