指甲感染真菌后，可以使用以下药物进行治疗：
1.外用药物：
抗真菌药膏：如克霉唑乳膏、酮康唑乳膏等，这些药物可以直接涂抹在指甲上，通常需要连续使用数周甚至数月，直至症状完全消失。
抗真菌药水：如阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺搽剂等，使用方法与药膏类似。
2.口服药物：
抗真菌药物：如伊曲康唑胶囊、特比萘芬片等，这些药物需要口服，通常用于较为严重的指甲感染。服用口服药物时需要遵循医生的建议，按时服药，并注意药物的副作用。
3.其他治疗方法：
物理治疗：如紫外线照射、激光治疗等，可用于辅助治疗指甲感染。
拔甲治疗：如果指甲感染严重，药物治疗无法起效，可以考虑拔甲治疗，但这种方法会比较疼痛，且指甲需要一段时间才能重新生长出来。
需要注意的是，指甲感染真菌的治疗需要耐心和坚持，因为真菌很难彻底清除。在使用药物治疗的同时，还应注意以下几点：
1.保持指甲清洁干燥，避免潮湿环境。
2.避免与他人共用指甲刀、拖鞋等物品，以防交叉感染。
3.注意个人卫生，勤洗手，勤换袜子。
4.如果同时患有脚气等其他真菌感染疾病，应同时进行治疗。
如果指甲感染症状严重或持续不愈，建议及时就医，以便获得更专业的治疗建议。此外，使用药物治疗时应遵循医生的建议，不要自行增减药量或更换药物。