指甲真菌感染可以使用以下药物进行治疗：
1.外用药物：
阿莫罗芬搽剂：这是一种广谱抗真菌药物，能有效抑制真菌细胞膜的合成，对皮肤癣菌、酵母菌等多种真菌均有一定的抗菌活性。使用时，先将病甲锉薄，然后再将药物均匀涂抹于患处，一日一次，疗程一般为6周。
环吡酮胺乳膏：对皮肤癣菌、酵母菌等有较强的抑制作用，且渗透性强，能深入甲板，发挥持续的杀菌作用。使用时，先将指甲用温水泡软，再将药膏均匀涂抹于患处，一日一次，疗程一般为2-6周。
2.口服药物：
伊曲康唑胶囊：是一种广谱抗真菌药物，对多种深部真菌和浅表真菌均有抗菌作用。适用于指甲真菌感染较为严重的患者，一般需连续服用1-3个月，具体剂量和疗程需根据病情而定。在服用该药期间，需注意监测肝功能。
特比萘芬片：也是一种广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌、酵母菌等有较强的抗菌活性。口服吸收后，能在体内转化为有活性的产物，从而发挥抗真菌作用。该药的疗程一般为1-3个月，具体剂量和疗程需根据病情而定。服用该药期间，可能会出现胃肠道不适、头痛、皮肤过敏等不良反应。
需要注意的是，指甲真菌感染的治疗需要一定的时间，患者应在医生的指导下坚持用药，并注意个人卫生，保持指甲清洁干燥，避免与他人共用指甲刀、拖鞋等物品，以防交叉感染。此外，一些基础疾病，如糖尿病、免疫系统疾病等，也可能导致指甲真菌感染，因此在治疗指甲真菌感染的同时，还需积极治疗原发病。