手指甲真菌感染可以使用以下药物进行治疗：
1.外用药物：
阿莫罗芬搽剂：这是一种广谱抗真菌药物，能有效抑制真菌生长。使用时，先将指甲锉光，然后将药液均匀涂抹在患处，每天1-2次。
环吡酮胺乳膏：对皮肤癣菌、酵母菌等有较强的抑制作用，能缓解指甲真菌感染引起的瘙痒、疼痛等症状。使用时，先将指甲清洁干净，再取适量乳膏涂于患处，每日1-2次。
2.口服药物：
伊曲康唑胶囊：是一种广谱抗真菌药物，适用于指甲真菌感染较为严重的情况。服用方法为每日两次，每次200毫克，连续服用一周，停药三周为一个疗程。一般需要2-3个疗程。
特比萘芬片：对皮肤癣菌具有杀菌作用，能有效治疗指甲真菌感染。服用方法为每日一次，每次250毫克，连续服用6-12周。
需要注意的是，药物的使用应在医生的指导下进行，患者应严格按照医嘱用药，切勿自行增减剂量或停药。同时，在治疗期间，应注意保持指甲清洁干燥，避免与他人共用指甲刀、拖鞋等物品，以防交叉感染。如果症状持续不缓解或加重，应及时就医。