手指甲真菌感染可以使用以下药物进行治疗：
1.外用药物：
阿莫罗芬搽剂：这是一种广谱抗真菌药物，能有效抑制真菌生长。使用时，先将指甲锉光，然后涂抹阿莫罗芬搽剂，每天1-2次。
环吡酮胺乳膏：也具有广谱抗真菌作用，能渗透甲板，对灰指甲有较好的治疗效果。用法为每天外用2次，疗程一般为2-6周。
酮康唑乳膏：对皮肤癣菌、酵母菌等有广谱抗菌作用。使用时，取适量乳膏涂于患处，每日1-2次。
2.口服药物：
伊曲康唑胶囊：是一种广谱抗真菌药物，适用于指甲真菌感染。具体用法为冲击疗法，即每次服用200mg，每天2次，连服1周，停药3周为一个疗程。手指甲感染通常需要2-3个疗程，而脚趾甲感染则需要3-4个疗程。
特比萘芬片：也是一种广谱抗真菌药物，对皮肤癣菌有较强的抗菌活性。用法为口服，一次250mg，一日1次，疗程一般为2-6周。
需要注意的是，药物的使用应在医生的指导下进行，尤其是口服药物，可能会有一些副作用。此外，在治疗期间，应注意保持指甲清洁卫生，避免与他人共用指甲刀、拖鞋等物品，以防交叉感染。如果症状严重或治疗效果不佳，应及时就医，以便调整治疗方案。