阴茎根部皮下出现硬疙瘩的原因可能有以下几种：
1.皮脂腺囊肿：由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。这是一种良性病变，可发生于任何年龄，但以青壮年多见，好发于头面、颈项和胸背部。囊肿呈圆形，边界清楚，质地柔软，无压痛，可以推动。如果继发感染时，可有疼痛、红肿。一般无自觉症状。
2.传染性软疣：由传染性软疣病毒感染引起的传染性皮肤病。多见于儿童和青年人，可通过直接接触或间接接触传播。在阴囊、阴茎或阴唇上可出现半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质，即软疣小体。
3.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的性传播疾病。主要通过性接触传播，也可通过接触被污染的物品间接传播。在阴茎、龟头、冠状沟、尿道口、肛周等部位可出现赘生物，呈乳头状、菜花状或鸡冠状，表面粗糙，易出血。
4.阴茎硬结症：病因尚不清楚，可能与遗传、损伤、感染等因素有关。主要表现为阴茎海绵体白膜的纤维化病变，使阴茎在勃起时出现弯曲畸形，伴有疼痛。
5.其他：还可能是脂肪瘤、表皮样囊肿、阴茎癌等疾病。
如果发现阴茎根部皮下有硬疙瘩，建议及时就医，明确诊断，并采取相应的治疗措施。