多囊卵巢综合征患者怀孕后，自然流产率增加与多囊卵巢综合征本身的病理生理学机制是有关系的。1、多囊卵巢综合征是一种代谢性疾病，潜在的胰岛素抵抗，以及它对全身各个内分泌系统所导致的影响，实际上会影响患者的胚胎发育，从而导致流产率的增加。2、多囊卵巢综合征还合并了一些自身免疫炎症的因素，这些自身免疫炎症在怀孕后仍然有可能影响胚胎的发育。3、多囊卵巢综合征的女性大多是通过辅助生殖技术受孕的，包括促排卵、人工授精、体外受精、胚胎移植技术等帮助怀孕，比如体外受精、胚胎移植技术俗称试管婴儿技术，本身具有较高的流产率。所以多囊卵巢综合征患者在怀孕后，应该积极监测胚胎发育情况，做出有效预防流产的措施。