月经末期同房且使用避孕套可能会对身体造成一定的影响，具体如下：
1.感染：月经末期，子宫内膜尚未完全修复，此时同房容易将细菌带入阴道，引起上行性感染，导致子宫内膜炎、盆腔炎等妇科炎症。
2.子宫内膜异位症：经期同房时，脱落的子宫内膜可能会随经血倒流，种植在盆腔其他部位，从而引发子宫内膜异位症，导致痛经、性交痛等症状。
3.免疫性不孕：经期同房可能会使女性产生抗精子抗体，从而引起免疫性不孕。
4.经血逆流：经期同房时，性兴奋可能会导致子宫收缩，将经血挤压到盆腔，导致经血逆流，增加子宫内膜异位症的发生风险。
因此，建议在月经彻底干净后2-3天再同房，并且要注意性生活卫生，同时使用避孕套可以在一定程度上预防性传播疾病，但并不能完全避免感染的发生。如果在同房后出现腹痛、白带异常、阴道出血等异常情况，应及时就医，以便早发现、早治疗。此外，对于月经不规律、患有妇科疾病等特殊人群，更应注意避免在经期同房，以免加重病情或影响身体健康。