月经干净两天后又出现褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.排卵期出血：如果月经周期规律，在两次月经中间，即排卵期，由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落，引起有规律性的阴道出血，称为排卵期出血，这是一种正常的生理现象，一般出血量较少，可伴有轻微腹痛或腰部酸痛，通常持续2-3天，不需要特殊治疗。
2.子宫内膜息肉：是由子宫内膜局部过度增生所致，表现为突出于子宫腔内的单个或多个光滑肿物，蒂长短不一。息肉可引起子宫不规则出血，常表现为月经间期出血、性交后出血等，也可表现为经量增多、经期延长或月经淋漓不净。息肉较大时，还可能导致不孕。治疗方法主要为宫腔镜下息肉摘除术。
3.子宫肌瘤：是女性最常见的良性肿瘤，多发生于35-50岁的妇女。子宫肌瘤可引起子宫出血，表现为月经量增多、经期延长或月经周期缩短，也可出现不规则阴道出血。黏膜下肌瘤还可能导致白带增多、腹痛等症状。治疗方法主要包括子宫肌瘤剔除术、子宫切除术等。
4.其他：子宫内膜炎、子宫颈息肉、宫颈癌等也可能导致月经干净后又出现褐色分泌物。
如果出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、妇科检查、性激素六项等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动，避免食用辛辣刺激性食物。