月经干净两天后又有褐色分泌物，可能是以下原因导致：
1.排卵期出血：如果月经周期规律，在两次月经中间，即排卵期，由于雌激素水平短暂下降，使子宫内膜失去激素的支持而出现部分子宫内膜脱落，引起有规律性的阴道出血，称为排卵期出血。出血量一般不多，持续半天或几天，可伴有轻微腹痛或腰酸。
2.功能性子宫出血：简称功血，主要是由调节生殖的神经内分泌机制失常所引起，其表现通常是月经周期不规律，经量过多，经期延长或不规则出血。
3.服用紧急避孕药：服用紧急避孕药后，可能会导致撤退性出血，出现月经干净后又有褐色分泌物的情况。
4.妇科疾病：如阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、子宫肌瘤、子宫内膜息肉等，都可能导致月经干净后又有褐色分泌物。
5.其他：子宫内膜异位症、节育环等也可能引起这种症状。
如果出现这种情况，建议及时就医，进行相关检查，如B超、性激素六项等，以明确原因，并在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持外阴清洁，避免过度劳累和剧烈运动，避免食用辛辣刺激性食物。