孕早期喝孕酮后仍有褐色分泌物，可能是以下原因导致：
1.孕酮补充不足：如果胚胎发育不良或孕妇黄体功能不全，即使补充孕酮，也可能无法完全抑制子宫收缩，导致仍有褐色分泌物。
2.宫外孕：宫外孕时，胚胎着床在子宫外，不能正常发育，也会导致孕酮水平低，出现褐色分泌物。
3.其他因素：胚胎染色体异常、孕妇患有子宫肌瘤、子宫内膜息肉等疾病，也可能导致孕早期褐色分泌物。
如果出现这种情况，建议及时就医，进行以下检查和治疗：
1.超声检查：确定孕囊是否在子宫内，排除宫外孕的可能。
2.孕激素水平测定：了解孕酮水平是否足够，如果不足，需要调整剂量。
3.其他检查：医生可能会根据具体情况，安排其他检查，如血常规、凝血功能等，以排除其他潜在的问题。
4.卧床休息：减少活动，卧床休息，避免性生活和剧烈运动。
5.调整心态：保持良好的心态，避免紧张和焦虑。
需要注意的是，每个孕妇的情况都不同，治疗方案应根据具体情况制定。在医生的指导下进行治疗，并按时复查，以确保胎儿的健康发育。如果褐色分泌物持续增多、伴有腹痛或其他不适症状，应及时就医。此外，在孕早期，孕妇应注意休息，避免劳累和感染，保持良好的生活习惯和饮食习惯，有助于提高孕酮水平，促进胚胎发育。