孕早期流褐色分泌物和孕酮低可能与以下因素有关：
1.先兆流产：在孕早期，胚胎着床不稳定，过度劳累、性生活、孕酮水平低等因素可能导致先兆流产，出现阴道少量流血，色褐。此时需要卧床休息，同时在医生的指导下使用黄体酮等保胎药物。
2.宫外孕：受精卵在子宫体腔以外着床称为异位妊娠，即宫外孕。宫外孕时，胚胎发育不良，也可能导致孕酮低、阴道流血。宫外孕需要及时就医，根据具体情况选择手术治疗或药物保守治疗。
3.宫颈息肉：孕期宫颈息肉也可能引起少量阴道流血，表现为褐色分泌物。宫颈息肉通常需要手术摘除。
4.其他：葡萄胎、胚胎停育等也可能导致孕早期流褐色分泌物和孕酮低。
如果出现孕早期流褐色分泌物，建议及时就医，进行B超检查、孕酮及人绒毛膜促性腺激素（hCG）检测等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免劳累和性生活，保持心情舒畅。
此外，在孕早期，孕妇应遵医嘱补充叶酸，预防神经管畸形。如果既往有过自然流产、胎停育等病史，或本次怀孕后出现腹痛、阴道流血等异常情况，应及时就诊，以便医生更早地发现问题，采取相应的处理措施。