阴茎根部的疣体通常是由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起的，治疗方法包括以下几种：
1.物理治疗：如冷冻疗法、激光治疗、电灼治疗等，这些方法可以直接去除疣体。
2.外用药物：包括抗病毒药物、免疫调节剂等，如咪喹莫特乳膏、干扰素凝胶等，这些药物可以抑制病毒复制，促进疣体消退。
3.系统治疗：对于疣体较多或反复发作的患者，可以口服抗病毒药物或免疫调节剂进行系统治疗。
4.光动力疗法：是一种新型的治疗方法，通过外用光敏剂，然后用特定波长的光照射，杀死病毒和疣体。
需要注意的是，治疗方法的选择应根据疣体的大小、数量、患者的年龄、免疫状态等因素综合考虑。在治疗过程中，患者应注意个人卫生，避免搔抓疣体，以免病毒扩散。同时，应避免性生活，以免传染给他人。如果疣体持续不愈或出现其他症状，应及时就医，以便调整治疗方案。
此外，对于高危型HPV感染引起的疣体，还需要进行宫颈涂片等检查，以排除宫颈癌的可能。同时，接种HPV疫苗可以预防HPV感染，降低疣体的发生率。