脚底有小水泡的常见原因和治疗方法如下：
1.足癣：由真菌感染引起，具有传染性。可外用抗真菌药物，如克霉唑乳膏、酮康唑乳膏等，严重者可口服抗真菌药物，如伊曲康唑、特比萘芬等。同时，要注意保持脚部清洁干燥，勤换鞋袜，避免与他人共用洗脚盆、拖鞋等。
2.湿疹：与过敏、遗传、感染等因素有关。可外用糖皮质激素乳膏，如糠酸莫米松乳膏、丁酸氢化可的松乳膏等，瘙痒明显者可口服抗组胺药物，如氯雷他定、西替利嗪等。此外，还可配合使用炉甘石洗剂、氧化锌洗剂等。
3.汗疱疹：病因尚不明确，可能与精神紧张、手足多汗、真菌感染等有关。可外用炉甘石洗剂、氧化锌软膏等，水疱较多者可先用硼酸溶液或呋喃西林溶液湿敷，待水疱干涸后再外用药物。瘙痒明显者可口服抗组胺药物。
4.其他：摩擦、刺激、接触性皮炎等也可能导致脚底起小水泡。治疗方法主要是避免刺激因素，保持皮肤清洁，外用糖皮质激素乳膏或氧化锌软膏等。
需要注意的是，以上药物都需要在医生的指导下使用，避免自行用药。同时，如果水泡较大、疱液较多，或伴有疼痛、瘙痒等症状，建议及时就医，明确诊断后进行治疗。此外，在治疗期间，应避免搔抓患处，以免引起感染或加重病情。保持脚部清洁干燥，选择透气的鞋袜，也有助于病情的恢复。