脸部扁平疣的最佳治疗方法包括物理治疗、药物治疗和免疫调节剂治疗等，具体如下：
1.物理治疗：
激光治疗：通过激光的高温作用，使扁平疣组织碳化、气化，从而达到治疗目的。激光治疗适用于扁平疣数量较少、疣体较小的情况。
冷冻治疗：利用液氮的低温使扁平疣组织坏死、脱落。该方法适用于扁平疣数量较多、疣体较小的情况。
电灼治疗：通过电流产生的高温使扁平疣组织炭化、坏死。电灼治疗适用于扁平疣数量较少、疣体较大的情况。
2.药物治疗：
外用药物：包括维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等。这些药物可以促进扁平疣组织的脱落。
注射药物：如干扰素、卡介菌多糖核酸等。这些药物可以调节机体的免疫功能，从而达到治疗扁平疣的目的。
3.免疫调节剂治疗：
口服药物：如转移因子、胸腺肽等。这些药物可以增强机体的免疫功能，从而提高扁平疣的治愈率。
注射药物：如卡介菌多糖核酸、胸腺肽等。这些药物可以调节机体的免疫功能，从而达到治疗扁平疣的目的。
需要注意的是，扁平疣具有传染性，治疗期间应避免搔抓疣体，以免疣体扩散。同时，患者应注意个人卫生，保持皮肤清洁，避免与他人共用毛巾、脸盆等物品。此外，患者还应避免食用辛辣、油腻等刺激性食物，多吃新鲜的蔬菜和水果，以提高机体的免疫力。
以上内容仅供参考，如果患者需要治疗扁平疣，建议及时到正规医院皮肤科就诊，在医生的指导下选择合适的治疗方法。