脸上长了扁平疣，可选择以下方法进行治疗：
1.药物治疗：可在医生指导下使用维A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等药物进行局部涂抹，也可口服利巴韦林、胸腺肽等药物进行系统治疗。
2.物理治疗：包括冷冻治疗、激光治疗、电灼治疗等，可根据疣体的大小、数量、位置等选择合适的治疗方法。
3.手术治疗：对于疣体较大、药物和物理治疗效果不佳的患者，可考虑手术切除。
4.中医治疗：中医认为扁平疣是由气血失和、腠理不密、外感风热毒邪所致，可采用中药调理、针灸等方法进行治疗。
需要注意的是，扁平疣具有传染性，可通过直接或间接接触传播，因此患者应避免搔抓疣体，以免疣体扩散。同时，患者应保持皮肤清洁，避免使用刺激性化妆品，避免与他人共用毛巾、脸盆等物品。此外，扁平疣的治疗需要一定的时间，患者应耐心治疗，遵医嘱用药，并定期复诊。如果扁平疣症状加重或出现其他不适，应及时就医。