肛门起疙瘩且疼痛，可能是以下原因引起：
1.痔疮：肛管或直肠下端的静脉丛充血或淤血并肿大，易出现排便时出血、疼痛、肛门瘙痒、痔赘脱垂等症状。
2.肛周脓肿：是一种常见的肛肠疾病，是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生的急性或慢性化脓性感染，并形成脓肿。其主要症状是疼痛、肿胀，在排便时疼痛加剧，可能伴有发热、寒战等全身症状。
3.肛裂：肛管皮肤全层裂开并形成慢性溃疡，与排便有关，多因大便干燥所致。主要症状是肛门疼痛、便血和便秘。
4.直肠脱垂：是指肛管、直肠黏膜或直肠、部分乙状结肠向下移位，脱出肛门外的一种疾病，俗称“脱肛”。早期仅在排粪时有肿块自肛门脱出，便后可自行缩回。随着病情发展，因肛提肌及肛管括约肌缺乏收缩力，则需用手帮助回复。严重者在咳嗽、喷嚏、用力或行走时亦可脱出，且不易回复。如未能及时复位，脱垂肠段可发生水肿、绞窄，甚至有坏死的危险。
5.肛管直肠癌：肛管直肠癌破溃、感染后，患者也会出现肛门肿痛，并伴有下坠和里急后重感，大便次数增多，呈黏液便，便脓血。
对于肛门起疙瘩且疼痛的治疗，需要根据具体病因进行针对性治疗。以下是一些常见的治疗方法：
1.药物治疗：包括外用药物（如痔疮膏、栓剂等）和口服药物（如抗生素、止痛药等）。外用药物可以缓解症状，口服药物可以减轻疼痛和炎症。
2.坐浴：用温水或中药坐浴，可以缓解肛门疼痛和肿胀。
3.手术治疗：对于严重的痔疮、肛周脓肿、肛裂等疾病，可能需要手术治疗。手术方法包括痔切除术、肛周脓肿切开引流术、肛裂切除术等。
需要注意的是，肛门起疙瘩且疼痛可能是多种疾病的症状，因此建议及时就医，进行详细的检查和诊断，以便制定合理的治疗方案。同时，在治疗过程中，应注意保持肛门清洁，避免久坐、久站，保持大便通畅，避免食用辛辣刺激性食物。