小便时小腹痛，可能是以下原因引起：
1.膀胱炎：膀胱位于小腹内，膀胱炎可导致膀胱炎症和刺激，引起小腹疼痛，同时还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。膀胱炎常见于女性，可通过尿常规、尿培养等检查确诊。治疗一般采用抗生素，如左氧氟沙星、头孢呋辛酯等。
2.尿道炎：尿道炎是尿道的炎症，也可导致小腹痛，并伴有尿道口红肿、分泌物增多等症状。尿道炎可通过尿常规、尿道分泌物涂片等检查确诊。治疗一般采用抗生素，如阿莫西林、阿奇霉素等。
3.前列腺炎：男性前列腺炎时，炎症可刺激前列腺，引起小腹疼痛，还可能伴有尿频、尿急、尿痛、尿不尽、会阴区疼痛等症状。前列腺炎的诊断需要结合症状、前列腺液常规、前列腺超声等检查。治疗方法包括药物治疗（如左氧氟沙星、坦索罗辛等）、物理治疗（如前列腺按摩、微波等）等。
4.泌尿系统结石：如膀胱结石、尿道结石等，可导致排尿困难和小腹痛，疼痛通常较为剧烈。泌尿系统结石的诊断需要通过超声、X线等检查来确定。较小的结石可以通过多喝水、多运动等方法自行排出，较大的结石可能需要进行体外冲击波碎石或手术治疗。
5.其他：妇科疾病（如盆腔炎、宫颈炎等）、肠道疾病（如肠炎、肠痉挛等）也可能引起小腹痛，但通常还会伴有其他相应的症状。
如果出现小便时小腹痛的情况，建议及时就医，进行相关检查，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，少吃辛辣刺激性食物。