怀孕三个月不能同房的原因主要有以下几点：
1.胎儿发育尚不稳定：怀孕前三个月，胎盘尚未完全形成，胚胎在子宫内附着尚不牢固，同房可能会刺激子宫收缩，增加流产的风险。
2.孕妇身体变化：怀孕后，孕妇体内的激素水平会发生变化，身体也会出现一系列不适，如恶心、呕吐、疲劳等。此时，孕妇的身体较为敏感，同房可能会加重这些不适症状。
3.容易感染：怀孕后，孕妇的免疫力会下降，阴道内的酸碱度也会发生变化，此时同房容易导致细菌感染，增加患上阴道炎、宫颈炎等疾病的几率，从而影响胎儿的健康。
4.心理压力：怀孕后，孕妇的心理压力会增加，担心胎儿的健康，同房可能会加重这种心理负担。
需要注意的是，每个孕妇的身体状况都不同，具体情况还需咨询医生的意见。在孕期，孕妇应注意休息，保持良好的心态，避免过度劳累和剧烈运动，同时也要注意个人卫生，避免感染。如果出现阴道出血、腹痛等异常情况，应及时就医。