牙根发黑可能是以下原因导致的：
1.外源性因素：长期喝咖啡、浓茶、吸烟等，可能导致色素沉着在牙齿表面，使牙根看起来发黑。
2.内源性因素：
牙髓坏死：牙齿受到外伤、龋齿等原因导致牙髓感染、坏死，细菌分解牙髓中的黑色素，会使牙齿逐渐变黑。
四环素牙：在牙齿发育期间，服用了四环素类药物，药物会与牙齿组织结合，使牙齿变成黄色或棕色。
氟斑牙：长期饮用含氟量过高的水，可能导致氟斑牙，使牙齿出现白垩色或黄褐色斑块，严重时也会使牙根变黑。
3.其他：牙根发黑还可能与年龄增长、牙釉质磨损等因素有关。
如果发现牙根发黑，建议及时就医，医生一般会进行口腔检查、X线检查等，以明确病因，并采取相应的治疗方法，常见的治疗方法包括：
1.洁牙：通过洗牙去除牙齿表面的色素沉着和牙结石，恢复牙齿的本来颜色。
2.根管治疗：如果是牙髓坏死导致的牙根发黑，需要进行根管治疗，去除感染的牙髓组织，然后进行填充和修复。
3.烤瓷牙或全瓷牙修复：如果牙齿损伤严重，无法通过治疗恢复，可以考虑制作烤瓷牙或全瓷牙，恢复牙齿的外形和颜色。
需要注意的是，一些全身性疾病也可能导致牙齿变黑，如肾上腺皮质功能减退症、某些金属中毒等。因此，如果牙根发黑的情况持续不缓解或伴有其他症状，如牙齿疼痛、松动等，应及时就医，进行全面的检查和治疗。此外，日常口腔护理也非常重要，建议定期洗牙、刷牙、使用牙线等，保持口腔清洁，预防口腔疾病。