同房时小肚子疼可能由以下原因引起：
1.生理因素：
动作过于剧烈：如果在同房时动作过于剧烈，可能会刺激腹部，导致小肚子疼痛。
精液过敏：如果男方精液过敏，女性在同房后可能会出现小肚子疼痛、瘙痒等症状。
排卵期：女性在排卵期时，卵泡破裂可能会导致小肚子疼痛，这是正常的生理现象。
2.病理因素：
盆腔炎：盆腔炎是女性常见的疾病，主要是由于感染引起的。盆腔炎可能会导致小肚子疼痛、白带异常等症状。
子宫内膜异位症：子宫内膜异位症是指子宫内膜组织生长在子宫腔以外的部位，可能会导致小肚子疼痛、性交痛等症状。
子宫肌瘤：子宫肌瘤是女性常见的良性肿瘤，可能会导致小肚子疼痛、月经异常等症状。
如果同房时出现小肚子疼的情况，可以先休息一下，观察疼痛是否缓解。如果疼痛持续不缓解或伴有其他症状，如白带异常、阴道出血、发热等，应及时就医，进行相关检查，如B超、白带常规等，以明确病因，并进行针对性治疗。
在日常生活中，应注意个人卫生，保持外阴清洁。同房时应注意动作轻柔，避免过于剧烈的运动。如果有妇科疾病，应及时治疗，以免病情加重。