肛门里面有个小肉疙瘩疼，可能是以下原因引起：
1.痔疮：内痔或混合痔脱出、环状内痔脱出，可在肛门内形成肉疙瘩，并伴有疼痛。此外，长期腹泻、便秘等也可能导致痔疮发作。
2.肛裂：肛管皮肤全层裂伤后形成的小溃疡，可引起肛门疼痛、便血和肛门内肿物脱出。
3.肛管炎：长期的炎症刺激可导致肛门内肿物脱出，并伴有疼痛。
4.肛乳头瘤：肛乳头因粪便和慢性炎症的长期刺激增大变硬，是肛门直肠常见的良性肿瘤之一。瘤体脱出肛门外，呈灰白色，可有刺痛或灼痛感。
5.直肠息肉：是直肠黏膜表面突出的赘生物，通常较小，可单发或多发，可伴有便血和肛门坠胀感。
6.其他：肛管或直肠的肿瘤、肛周脓肿等也可能出现类似症状。
如果出现肛门内有小肉疙瘩并伴有疼痛，建议及时就医，明确诊断。治疗方法因病因而异，可能包括药物治疗、坐浴、手术等。在医生的指导下进行治疗，同时注意保持肛门清洁，避免久坐、久站，饮食清淡，避免辛辣刺激性食物。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果症状持续不缓解或加重，建议及时就医，以便获得更专业的诊断和治疗。