同房时有时疼痛可能是以下原因导致：
1.妇科疾病：如阴道炎、宫颈炎、盆腔炎等，这些炎症可能导致阴道黏膜充血、水肿，同房时受到刺激会引起疼痛。此外，子宫内膜异位症、子宫肌瘤等疾病也可能引起同房疼痛。
2.缺乏性知识：如果双方缺乏性知识，在同房时动作过于粗暴或不注意卫生，可能会导致阴道黏膜损伤，引起疼痛。
3.心理因素：紧张、焦虑、恐惧等心理因素可能导致肌肉紧张，增加同房时的疼痛感觉。
4.其他因素：如雌激素水平下降、阴道干燥等，也可能导致同房疼痛。
如果出现同房疼痛，建议及时就医，进行相关检查，如白带常规、B超等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，双方也应该加强沟通，了解性知识，注意卫生，缓解心理压力，以提高性生活质量。
在治疗方面，以下是一些常用的药物：
1.抗生素：如果是炎症引起的疼痛，医生可能会开一些抗生素来治疗感染。
2.雌激素：如果是雌激素水平下降导致的疼痛，医生可能会建议使用雌激素软膏或栓剂来缓解症状。
3.抗抑郁药：如果疼痛是由心理因素引起的，医生可能会开一些抗抑郁药来缓解焦虑和紧张情绪。
需要注意的是，药物的使用应该在医生的指导下进行，不要自行用药。此外，除了药物治疗，还可以采取一些其他措施来缓解疼痛，如使用润滑剂、改变性行为方式等。同时，保持良好的生活习惯，如均衡饮食、适量运动、保持心情愉悦等，也有助于缓解疼痛。