阴茎上面长小水泡的原因可能有以下几点：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒（HSV）感染引起，主要通过性接触传播。感染后，生殖器部位会出现红斑、水疱，并伴有疼痛、瘙痒等症状。生殖器疱疹容易复发，需要长期控制。
2.包皮龟头炎：可由细菌、真菌感染或局部刺激引起。表现为龟头和包皮上的红斑、水疱、糜烂等，常伴有疼痛、瘙痒或异味。包皮过长或包茎者更容易发生。
3.接触性皮炎：由于接触某些过敏物质或刺激性物质引起。比如避孕套、润滑剂、某些内裤面料等，可能导致阴茎皮肤过敏，出现水疱、瘙痒等症状。
4.其他原因：如病毒疹、水痘、梅毒等也可能出现类似症状。
需要注意的是，小水泡的原因可能因人而异，有些情况可能需要进一步检查和诊断。如果出现阴茎上面长小水泡的情况，建议及时就医，进行详细的检查和诊断，并根据病因进行相应的治疗。同时，要注意保持局部清洁，避免搔抓和摩擦，避免不洁性行为。