阴茎上起小水泡的原因可能是生殖器疱疹、包皮龟头炎、过敏、尖锐湿疣等，具体如下：
1.生殖器疱疹：由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过性接触传播。初次感染后，病毒会潜伏在骶神经节内，当机体免疫力下降时，病毒可被激活，导致生殖器部位出现水疱、疼痛、瘙痒等症状。
2.包皮龟头炎：可由细菌、真菌、滴虫等感染引起，也可能与局部刺激、过敏等因素有关。龟头和包皮内板会出现红斑、丘疹、水疱等表现，伴有瘙痒、疼痛、异味等症状。
3.过敏：使用某些药物、避孕套、避孕霜等可能导致过敏，使阴茎出现水疱、瘙痒、红肿等症状。
4.尖锐湿疣：由人乳头瘤病毒感染引起，主要通过性接触传播。在外生殖器和肛门周围会出现乳头状、菜花状的赘生物，质地柔软，容易出血。
5.其他：如接触性皮炎、白塞氏病等也可能导致阴茎上起小水泡。
需要注意的是，以上只是一些常见的原因，具体病因还需要结合患者的症状、体征、实验室检查等综合判断。如果出现阴茎上起小水泡的情况，建议及时就医，明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持局部清洁卫生，避免搔抓、摩擦，避免不洁性生活。