引起新生儿吐褐色分泌物的原因主要有以下几点：
1.咽下综合征：新生儿在分娩过程中，可能会咽下母亲产道内的血液、黏液或其他物质，这些物质在胃内被胃酸作用后，会导致呕吐物呈褐色。一般情况下，这种情况不需要特殊处理，在出生后1~2天内会自行缓解。
2.应激性溃疡：新生儿在出生后，由于外界环境的改变、缺氧、感染等因素，可能会导致应激性溃疡，从而引起呕吐物呈褐色。这种情况需要及时就医，在医生的指导下使用奥美拉唑、西咪替丁等药物进行治疗。
3.新生儿出血症：这是一种由于维生素K缺乏导致的出血性疾病，多发生在出生后3~5天。患儿通常会出现皮肤瘀斑、鼻出血、呕血、便血等症状，呕吐物也可能呈褐色。如果出血量较大，还可能会出现贫血、休克等症状。这种情况需要及时就医，在医生的指导下使用维生素K1进行治疗。
4.其他：新生儿吐褐色分泌物还可能与食管闭锁、胃扭转、新生儿坏死性小肠结肠炎等疾病有关。
总之，如果新生儿出现吐褐色分泌物的情况，家长应及时带其就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。