根据你提供的信息，断奶三年后仍有奶且疼痛，可能是以下原因：
1.高泌乳素血症：
高泌乳素血症可导致乳腺泌乳，还可能伴有月经失调、溢乳、闭经、不孕等症状。
可在医生指导下使用溴隐亭、卡麦角林等药物进行治疗。
2.乳腺疾病：
如乳腺导管扩张症、乳腺囊性增生等，也可能导致乳房溢液、疼痛。
需进一步检查，如乳腺超声、磁共振成像等，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。
3.其他：
下丘脑或垂体肿瘤、原发性甲状腺功能减退等疾病，也可能引起这种情况。
需进行相关检查，如头颅磁共振、甲状腺功能等，以明确病因。
此外，还可能有其他原因，建议及时就医，进行详细的检查，以明确诊断，并采取相应的治疗措施。同时，要注意保持乳房清洁，避免挤压、碰撞乳房。